Crédit d'impôt recherche (CIR) : c'est quoi, qui y a droit et comment le calculer
Le CIR en bref
- Taux : 30 % des dépenses de R&D éligibles, jusqu'à 100 millions d'euros de dépenses par an (5 % au-delà).
- Pour qui : toute entreprise imposée à l'IS ou à l'IR selon un régime réel, quels que soient sa taille et son secteur.
- Pour quoi : des travaux qui cherchent à lever une incertitude scientifique ou technique que l'état de l'art ne permet pas de résoudre.
- Comment : une déclaration (formulaire 2069-A-SD) déposée avec la liasse fiscale, et un dossier technique à garder prêt en cas de contrôle.
- Quand l'argent arrive : l'année suivant les dépenses, en réduction d'impôt ou en remboursement pour les PME.
Qu'est-ce que le crédit d'impôt recherche ?
Le CIR est une aide fiscale créée en 1983 pour encourager les entreprises à investir dans la recherche. Concrètement, l'État prend à sa charge une partie de ce que vous dépensez en R&D : salaires des chercheurs et ingénieurs, frais de fonctionnement associés, amortissement du matériel, sous-traitance auprès de laboratoires agréés.
Ce n'est pas une subvention : il n'y a pas d'appel à projets ni de jury. Si vos travaux sont éligibles et vos dépenses justifiées, le crédit est dû. En contrepartie, c'est vous qui portez la charge de la preuve, et l'administration peut vérifier votre déclaration pendant plusieurs années.
Quelles entreprises peuvent en bénéficier ?
Toutes les entreprises industrielles, commerciales ou agricoles imposées selon un régime réel, qu'elles soient à l'impôt sur les sociétés ou à l'impôt sur le revenu. Il n'y a pas de condition de taille, d'âge ou de chiffre d'affaires.
Dans les faits, les bénéficiaires les plus fréquents sont les startups et PME tech, la santé, l'industrie et l'énergie : des entreprises qui emploient des profils techniques sur des problèmes qui n'ont pas encore de solution connue.
Qu'est-ce qui compte comme de la R&D ?
C'est la question qui fait le plus souvent déraper un dossier. Le CIR ne finance pas l'innovation au sens large, il finance la recherche. Les travaux doivent remplir les critères du Manuel de Frascati, repris par le ministère de la Recherche :
- ils visent à produire une connaissance nouvelle ;
- ils reposent sur une démarche créative, pas sur l'application d'une méthode connue ;
- leur résultat est incertain au départ ;
- ils suivent une démarche systématique (hypothèses, essais, analyse des résultats) ;
- leurs résultats sont transférables ou reproductibles.
Le point central est le verrou : une difficulté scientifique ou technique que l'état de l'art ne permet pas de surmonter. Si un ingénieur compétent du domaine sait comment faire, ce n'est pas de la R&D, même si c'est difficile et long.
Quelques exemples tirés de ce qu'on voit chez nos clients :
- Éligible : concevoir un modèle de détection d'anomalies qui doit tenir sur des données très déséquilibrées là où les méthodes publiées échouent ; mettre au point un procédé de recyclage dont le rendement n'est pas atteint dans la littérature.
- Pas éligible : développer une application web avec des frameworks éprouvés ; intégrer une API tierce ; refaire une interface ; migrer une base de données.
Entre les deux, beaucoup de projets contiennent une part de R&D et une part de développement classique. Tout l'enjeu est d'isoler la première, avec le temps passé qui va avec.
Si votre projet relève plutôt de la conception d'un nouveau produit que de la recherche, c'est le crédit d'impôt innovation (CII) qu'il faut regarder. Il est réservé aux PME et son taux est de 20 % depuis 2025.
Quelles dépenses sont éligibles ?
- Les dépenses de personnel des chercheurs et techniciens affectés aux travaux de R&D, au prorata du temps qu'ils y consacrent : salaires bruts et charges patronales. On y ajoute un forfait de 40 % pour couvrir les frais de fonctionnement, sans avoir à les justifier. C'est en général l'essentiel de l'assiette.
- Les dotations aux amortissements du matériel et des équipements utilisés pour la recherche.
- La sous-traitance confiée à des organismes publics ou à des prestataires agréés par le ministère, dans certaines limites.
Depuis le 15 février 2025, les dépenses de brevets, de veille technologique et le régime avantageux des jeunes docteurs ne sont plus prises en compte.
Deux déductions à ne pas oublier : les subventions et avances remboursables reçues pour ces mêmes travaux, et une partie des honoraires de conseil liés au CIR (on y revient plus bas).
Comment calculer son crédit d'impôt recherche ?
La formule de base est simple :
CIR = 30 % × (dépenses de personnel R&D + forfait de fonctionnement de 40 % + amortissements + sous-traitance agréée − subventions reçues)
Un exemple concret. Une startup emploie deux ingénieurs à 60 000 € brut par an, qui passent tout leur temps sur un projet de R&D :
Salaires bruts (2 × 60 000 €) : 120 000 €
Charges patronales (environ 42 %) : 50 400 €
Dépenses de personnel : 170 400 €
Forfait de fonctionnement (40 %) : 68 160 €
Assiette : 238 560 €
CIR (30 %) : ≈ 71 600 €
Si la même entreprise a reçu 30 000 € de subvention Bpifrance pour ces travaux, l'assiette descend à 208 560 € et le CIR à environ 62 600 €.
Dans la réalité, les ingénieurs ne passent jamais 100 % de leur temps sur de la R&D au sens fiscal. Le temps éligible doit être estimé honnêtement et documenté, projet par projet.
Comment et quand déclarer le CIR ?
Le CIR se déclare sur le formulaire 2069-A-SD, déposé avec le relevé de solde de l'impôt sur les sociétés. Pour un exercice calé sur l'année civile, cela tombe en général en mai de l'année suivante.
Le crédit vient d'abord réduire l'impôt sur les sociétés de l'année. S'il en reste :
- les PME au sens européen, les jeunes entreprises innovantes et les entreprises nouvelles peuvent en demander le remboursement immédiat ;
- les autres l'imputent sur l'impôt des trois années suivantes, puis se font rembourser le solde.
Vous avez oublié de le déclarer une année ? Il est possible de rattraper les dépenses des trois années précédentes par une réclamation auprès de l'administration fiscale.
Peut-on cumuler le CIR avec Bpifrance, la JEI ou le CII ?
Avec Bpifrance, oui. Les mêmes travaux peuvent être financés par une subvention ou une avance Bpifrance, puis ouvrir droit au CIR. La subvention est simplement déduite de l'assiette, pour ne pas financer deux fois la même dépense. C'est d'ailleurs l'une des combinaisons les plus efficaces pour une startup : Bpifrance finance en amont, le CIR rembourse une partie de ce qui reste.
Avec la JEI, oui également. Le statut de jeune entreprise innovante peut ouvrir des exonérations de charges sociales sur les salaires de R&D, sous des conditions renforcées depuis 2025. Seules les charges réellement payées entrent dans l'assiette du CIR : les charges exonérées n'y figurent donc pas, mais les deux avantages se combinent.
Avec le CII, oui, à condition de bien séparer les travaux : une même dépense ne peut pas être déclarée deux fois. Les travaux de recherche relèvent du CIR, la conception du produit qui en découle relève du CII.
Que se passe-t-il en cas de contrôle ?
L'administration fiscale peut contrôler votre CIR, souvent avec l'appui d'un expert du ministère de la Recherche qui évalue la partie scientifique. Elle dispose pour cela d'un délai qui court jusqu'à la fin de la troisième année suivant le dépôt du formulaire 2069-A-SD : un CIR déclaré en 2026 peut être contrôlé jusqu'au 31 décembre 2029.
Ce qui fait la différence à ce moment-là :
- un dossier technique rédigé selon la trame du ministère : contexte, état de l'art, verrous, démarche, résultats, avec une bibliographie ;
- un suivi des temps crédible pour chaque personne déclarée ;
- un calcul des dépenses traçable, de la paie jusqu'au formulaire.
Un dossier écrit après coup, en reprenant la plaquette commerciale du produit, ne tient presque jamais. Le plus sûr est de le préparer en même temps que la déclaration, pendant que les équipes se souviennent encore des pistes abandonnées et des essais qui ont échoué. Ce sont justement eux qui prouvent qu'il y avait une incertitude.
Pour sécuriser un projet en amont, il est aussi possible de demander un rescrit à l'administration : elle se prononce sur l'éligibilité avant que vous n'engagiez la déclaration.
Faut-il passer par un cabinet pour son CIR ?
Ce n'est pas obligatoire. Une entreprise qui a un profil scientifique à l'aise avec la rédaction et un expert-comptable rigoureux peut tout à fait déclarer seule. Un cabinet devient utile quand il faut délimiter ce qui est vraiment de la R&D, rédiger un dossier technique solide ou défendre un contrôle.
Un point mérite votre attention : le mode de rémunération du cabinet. La loi déduit de l'assiette du CIR les honoraires de conseil calculés en pourcentage du crédit obtenu, ainsi que la part des honoraires forfaitaires qui dépasse 15 000 € ou 5 % des dépenses éligibles (le plus élevé des deux). Autrement dit, un cabinet payé à la commission fait mécaniquement baisser votre crédit, et il a intérêt à gonfler l'assiette, ce qui augmente le risque en cas de contrôle.
C'est pour ces deux raisons que chez Reki, le CIR et le CII sont facturés au forfait, selon la taille de l'entreprise, avec un montant fixé par écrit avant de commencer. Nos consultants comprennent la tech de nos clients, ce qui compte beaucoup au moment d'expliquer un verrou scientifique, et ils répondent dans la journée. Nous préparons le calcul, le formulaire 2069-A-SD et le dossier technique, et nous vous accompagnons en cas de contrôle.
Vous voulez savoir si vos projets sont éligibles ? Le simulateur gratuit de Reki donne une première réponse en quelques minutes.
FAQ
Quel est le taux du crédit d'impôt recherche ?
30 % des dépenses de R&D éligibles jusqu'à 100 millions d'euros par an, puis 5 % au-delà. Des taux majorés s'appliquent dans les départements d'outre-mer.
Une startup qui ne paie pas d'impôt peut-elle toucher le CIR ?
Oui. Une PME au sens européen peut se faire rembourser immédiatement le crédit qui n'a pas pu s'imputer sur l'impôt, ce qui est le cas de la plupart des startups en perte.
Le développement logiciel est-il éligible au CIR ?
Seulement s'il comporte un verrou technique que l'état de l'art ne permet pas de lever. Développer une application avec des technologies maîtrisées n'est pas de la R&D au sens fiscal, même si le produit est nouveau.
Quand reçoit-on le remboursement du CIR ?
Le crédit est déclaré l'année qui suit les dépenses. Pour une PME qui demande le remboursement, comptez ensuite quelques mois de traitement par l'administration, parfois plus si elle demande des justificatifs avant de rembourser.
Peut-on déclarer le CIR des années passées ?
Oui, les dépenses des trois années précédentes peuvent être récupérées par réclamation, à condition de pouvoir justifier les travaux et le temps passé.
Faut-il envoyer le dossier technique avec la déclaration ?
Non, seul le formulaire 2069-A-SD est déposé. Le dossier technique est à conserver et à produire si l'administration le demande, mais mieux vaut le rédiger dès la déclaration.
Le CIR est-il compatible avec une subvention Bpifrance ?
Oui. Les deux se cumulent sur les mêmes travaux ; la subvention est déduite de l'assiette du CIR.
Combien coûte un accompagnement CIR chez Reki ?
Un forfait fixé selon la taille de l'entreprise, connu par écrit avant de commencer, et jamais un pourcentage du crédit obtenu.
Ressources utiles
Textes officiels
• BOFiP, BOI-BIC-RICI-10-10 : la doctrine fiscale du crédit d'impôt recherche (article 244 quater B du Code général des impôts)
• Guide du crédit d'impôt recherche 2025 : le guide du ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche
• Formulaire 2069-A-SD : la déclaration du CIR sur impots.gouv.fr
Aller plus loin avec Reki
• Simulateur d'éligibilité CIR, CII et JEI : une première réponse en quelques minutes
• FAQ du financement non dilutif : honoraires, Bpifrance, Bourse French Tech, CIR et JEI